โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนบ้านนาโต่ (วปรอ.344อุปถัมภ์) ตั้งขึ้นตามนโยบายของกองบังการตำรวจตระเวนชายแดนภาค 3 อำเภอแม่ริม  จังหวัดเชียงใหม่  โดยได้จัดทำแผนโครงการพัฒนาพื้นที่ใกล้เคียง โครงการพัฒนาดอยตุง อำเภอแม่จัน จังหวัดเชียงราย พ.ศ. 2534 – 2536  เกี่ยวกับการพัฒนาคุณภาพสิ่งแวดล้อมประชาชนในพื้นที่ข้างเคียง กองบังคับการตำรวจตระเวนชายแดนภาค  3  จึงได้มอบหมายให้กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 32  ดำเนินการสำรวจหมู่บ้านที่ยังไม่มีหน่วยงานใดเข้าไปจัดตั้งด้านการศึกษาในพื้นที่ข้างเคียงโครงการพัฒนาดอยตุง  เพื่อจัดตั้งโรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน  พันตำรวจเอกวิทยา นิลเพชร  ผู้กำกับการกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่  32  ได้มอบหมายให้  ร้อยตำรวจเอก  ประกฤติ  ยามานนท์ รองผู้บังคับกองร้อยตำรวจตระเวนชายแดนที่  327  รักษาราชการแทน ผู้บังคับกองร้อยตำรวจตระเวน-ชายแดนที่  327  ทำการคัดเลือก บ้านนาโต่ หมู่ที่ 20 ตำบลป่าซาง อำเภอแม่จัน จังหวัดเชียงราย เป็นโรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนพื้นที่ข้างเคียง และวันที่ 17 กุมภาพันธ์  2534  กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดนอนุมัติให้จัดตั้งโรงเรียนดังกล่าวได้ และได้ตั้งชื่อว่า “โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน บ้านนาโต่”